Związany z zespołem Klinefeltera wyższy wzrost wraz z gorszym rozwojem mięśni jest przyczyną nieco gorszej koordynacji ruchowej u osób z tym zespołem w porównaniu do ich zdrowych rówieśników. Jeżeli rodzice i nauczyciele zrozumieją wynikające z choroby ograniczenia i odpowiednio dostosują swoje wymagania, chłopcy dotknięci zespołem Klinefeltera będą mogli nauczyć się wybierać te odpowiednie do swych zdolności dziedziny aktywności (np. sporty indywidualne) czy zawody, stając się bardziej pewnymi siebie oraz bardziej produktywnymi członkami społeczeństwa.
Literatura medyczna obfituje w dane sugerujące, że w przypadku osób z zaburzeniami w liczbie chromosomów - i to osobników zarówno płci męskiej, jak i żeńskiej - występuje zwiększone ryzyko rozwinięcia się zaburzeń w zachowaniu i uczeniu się. Generalnie u pacjentów z zespołem Klinefeltera wydaje się, że występuje 6-12-miesięczne opóźnienie w nauce języka i nieco gorszy rozwój motoryczny. Chłopcy z zespołem Kliniefeltera są często nieśmiali, pasywni, niedojrzali i zależni. Choć wyniki testów na inteligencję są zwykle w granicach normy, to jednak wypadają gorzej w porównaniu z rodzeństwem i odzwierciedlają gorsze zdolności werbalne od niewerbalnych. Ponieważ u wielu mężczyzn z zespołem Klinefeltera choroba ta nie jest nigdy rozpoznana, trudno jest oszacować czy udokumentować ilościowo rzeczywistą częstość występowania czy zaawansowanie intelektualnych i psychologicznych problemów tych osób. Występuje poza tym znaczna zmienność w tej dziedzinie, gdyż u wielu dotkniętych zespołem Klinefeltera mężczyzn stwierdza się w sposób oczywisty ponadprzeciętne zdolności intelektualne. Zgodnie z powszechnie obowiązującą teorią, nieznaczne odchylenia w rozwoju ruchowym, emocjonalnym oraz w rozwoju mowy sugerują istnienie wspólnego zaburzenia rozwojowego, które może się objawić we wczesnym dzieciństwie jeszcze przed pojawieniem się klasycznych objawów fizykalnych zespołu. Pod warunkiem odpowiednio wczesnego rozpoznania, objawy te w niektórych przypadkach można częściowo załagodzić poprzez odpowiednią interwencję.
Nie wydaje się, aby chorzy dotknięci zespołem Klinefeltera narażeni byli bardziej niż inni na schizofrenię czy zespół maniakalno-depresyjny. Niektórzy wydają się być bardziej podatni na niekorzystne warunki środowiska, takie jak np. stres psychospołeczny, nie zaproponowano jednak żadnego definitywnego wyjaśnienia owej zwiększonej wrażliwości. Wśród osobników płci męskiej z zespołem Klinefeltera w każdym wieku stwierdza się też zwiększoną liczbę przypadków reaktywnych chorób psychicznych, co uważa się za konsekwencję większej podatności tych osób na stres. Osoby udzielające profesjonalnej porady rodzicom i członkom rodziny osób z zespołem Klinefeltera powinny uświadamiać im, że choroba ta (47,XXY) niekoniecznie wiąże się z występowaniem poważnych problemów intelektualnych i emocjonalnych w dzieciństwie. Lepsze wyniki można osiągnąć, jeżeli choroba zostanie rozpoznana wcześnie, a dziecko wychowywane będzie w normalnym i oferującym wsparcie środowisku, w którym (idealnie) inne osoby dorosłe, które odgrywają ważną rolę w życiu dziecka (np. nauczyciele) wykazywali się dużą świadomością oraz wrażliwością. Rodzice powinni również uczestniczyć w procesie decyzyjnym dotyczącym udzielania informacji diagnostycznych innym osobom. Mogą oni życzyć sobie, aby informacje o ich dziecku przekazywane były wyłącznie wybranym osobom - tym, które mają na bieżąco do czynienia z ich dzieckiem i które wykorzystają te informacje dla dobra dziecka.
Mimo, iż w kilku badaniach przeprowadzonych w zakładach psychiatrycznych i w zakładach karnych stwierdzono zwiększoną częstość występowania zachowań agresywnych i kryminalnych wśród osób z zespołem Klinefeltera, skłonności do działań przestępczych nie uważa się za typową cechę tej choroby. Z badań tych można wyciągnąć następujące wnioski: (1) badania te nie są obiektywne, gdyż skupiają się na bardzo specyficznych populacjach, (2) populacje osób przebywających w zakładach zamkniętych charakteryzują się niższym współczynnikiem inteligencji, (3) do rozwoju zachowań przestępczych stwierdzanych u niektórych osób z zespołem Klinefeltera w dużym stopniu przyczyniać się mogą braki intelektualne w połączeniu z niekorzystnym środowiskiem. Podsumowując, osoby z kariotypem 47,XXY, IQ w dolnym zakresie normy, którym brak środowiska oferującego wsparcie mogą być nieco bardziej narażone na rozwinięcie zachowań agresyjnych lub przestępczych.
Wdrożone na początku okresu pokwitania (około 12. roku życia) leczenie testosteronem powinno wspomóc rozwój drugorzędowych cech płciowych męskich i jąder (lecz nie rozwój ich funkcji), powodować zwiększenie się masy mięśniowej, dzięki czemu osiągnie się bardziej męski wygląd. Ponieważ za rozwój tkanki gruczołu piersiowego u chorych z zespołem Klinefeltera odpowiada wzmożona wrażliwość na estrogeny, a nie brak testosteronu, nie można zagwarantować, że hormonoterapia zapobiegnie pojawieniu się tego właśnie objawu.
Także odpowiednie zaplanowanie czasowe hormonoterapii może mieć istotny pozytywny wpływ na problemy z zachowaniem i uczeniem się u chorych chłopców, jak również poprawić ich samoocenę oraz libido i potencję w przypadkach, w których obserwuje się spadek aktywności płciowej. Rozpoczęta podczas dojrzewania lub po jego zakończeniu terapia zastępcza testosteronem może być korzystna dla łagodzenia problemów behawioralnych, psychiatrycznych i seksualnych związanych z zespołem Klinefeltera, jednak nie zmieni ona zdolności poznawczych (wrodzonej inteligencji), ani też budowy ciała, za wyjątkiem otyłości i rozmieszczenia tkanki tłuszczowej. Hormonoterapia rozpoczęta po okresie pokwitania nie zmieni istniejącej już budowy kości. Podawanie testosteronu może mieć wręcz niekorzystny skutek - może wywołać zaostrzenie zachowań agresywnych obserwowanych u niektórych osób z zespołem Klinefeltera. Mocno zaleca się, aby wszelka hormonoterapia zastępcza chorych prowadzona była przez endokrynologa i odbywała się w połączeniu z psychoterapią i poradnictwem.
Niepłodność jest chyba najtrudniejszym aspektem zespołu Klinefeltera. Może być wskazane nie ujawnianie tego problemu pacjentowi zanim nie omówi się innych aspektów jego rozwoju. Udzielając porad należy podkreślać, że bezpłodność i impotencja to dwie różne rzeczy, a kwestię niepłodności należy przedstawiać w kontekście częstości występowania niepłodności w populacji ogólnej (około 10% wszystkich par cierpi na niepłodność). Powinno się również omówić alternatywne opcje dotyczące posiadania dzieci (np. adopcję czy sztuczne zapłodnienie przez dawcę).
Ze względu na potencjalną możliwość wyleczenia, niezwykle istotne jest wczesne rozpoznanie. Mimo, że nie istnieją żadne definitywne kryteria rozpoznawcze zespołu Klinefeltera u chłopców przed okresem dojrzewania, najbardziej stałymi cechami występującymi u chłopców z chorobą zdiagnozowaną przed okresem pokwitania wydają się być: mała długość prącia, małe jądra (poniżej 2 ml objętości) lub niski stosunek górnej do dolnej części ciała (widoczny u ośmiolatków i starszych).